南京市食品药品监督检验院（以下简称市食药检院）是依法设置的食品药品监督检验机构，隶属于南京市市场监督管理局，为全额拨款公益型事业单位，加挂南京市药品（医疗器械）不良反应监测中心、南京市食品质量安全监控中心。主要职能为食品药品质量安全监管提供技术保障，承担食品、特殊食品、药品、化妆品监督检验；开展与食品、药品质量、检验等相关的科研工作。承担辖区内药品（医疗器械、化妆品）不良反应资料的收集、管理、上报，承办药品不良反应监测信息网络的建设、维护工作。承担全市食品质量安全监控工作。

市食药检院位于南京市江宁区文芳路199号（地铁一号线药科大学站），占地3栋楼，建筑面积22565平米。院现有4291项参数CMA资质认定检测能力和878项参数CNAS实验室认可检测能力，是CNAS认可的能力验证提供者（PTP），检验能力100%覆盖国家市场监管总局食品抽检监测细则和中国药典绝大多数项目。院拥有液相色谱-四级杆静电场轨道肼高分辨质谱仪、液相色谱串联质谱联用仪、气相色谱串联质谱联用仪、电感耦合等离子串联质谱仪、磁式质谱仪、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱、流式细胞仪、显微拉曼成像光谱仪、激光共聚焦显微镜、扫描电子显微镜、基因测序仪、稳定同位素质谱仪等检测科研设备1636台/套，设备总值2.59亿元。院现有133人，硕士博士占比60%，高级职称占比45%，其中食品安全国家标准审评委员会委员、国家市场监管总局科技创新委员会委员、食品补充检验方法和快检方法审评专家、科技创新青年拔尖人才、全国标准样品、食品工业、焙烤制品等多个标准化技术委员会委员、江苏省食品安全委员会专家委员会委员、江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象、江苏省产业教授、南京市有突出贡献中青年专家、南京市劳动模范、南京市五一劳动奖章获得者等多人。

市食药检院全面承担了国家、省、市三级食品、药品、化妆品监督抽检、评价性抽检和风险监测任务，是国家三部委认定的食品复检机构，设有南京市市场监管局食品抽检秘书处，抽检范围覆盖全国31个省（市、自治区）和江苏省13个市。市食药检院承担了国家科技支撑计划、国家及省重点研发计划、国家及省自然科学基金、国家总局技术保障专项、总局、省局和省药监局科技项目、市社会发展科技计划和ISO国际标准、国家标准、国家标准样品、国家药典标准提高课题、食品安全国家标准及省食品安全地方标准、国家总局食品补充检验方法等多项科技标准项目。建有江苏省市场监管重点实验室（食源性致病微生物检测及溯源技术）、江苏省市场监管重点实验室（食品真实性鉴别技术）、江苏省特殊食品质量监督检验中心、江苏省研究生工作站和国家总局科普基地、江苏省科普教育基地、南京市科普教育示范基地。先后获中国药学发展奖、江苏省科学技术奖二等奖、江苏省创新争先奖、国家总局市场监管科研成果奖二等奖、中国商业联合会科技进步奖一等奖、南京市科技进步奖一等奖等；获得江苏省文明单位、南京市文明单位、巾帼文明岗、工人先锋号、青年文明号等荣誉称号，建有南京市劳模和职工创新工作室。